Afdeling for Arktisk Miljø udfører forskning, overvågning og rådgivning inden for emner om miljøpåvirkninger fra mineral- og olieeftersøgning og -udvinding i Grønland. Arbejdet omfatter også overvågning af forurenende stoffer, bl.a. i forbindelse med det internationale Arctic Monitoring and Assessment Programme (AMAP), ligesom arktiske økosystemers påvirkning fra globale klimaforandringer indgår. Med denne baggrund kan afdelingen bl.a. rådgive Grønlands Selvstyres Råstofdirektorat om miljøspørgsmål. Afdelingen udfører forskning og overvågning af havpattedyr i danske farvande, bl.a. i relation til miljøkonsekvensvurdering af havvindmølleparker.

Afdeling for Arktisk Miljø er en forskningsafdeling, der arbejder med natur og miljø i Arktis med fokus på Grønland, samt med havpattedyr. Afdelingen består af ca. 45 medarbejdere med biologisk, kemisk, geografisk og veterinær baggrund, inklusiv 8-10 Ph.D-studerende. Afdelingen er organiseret i en stabsfunktion og 3 sektioner: Anvendt Arktisk Miljøforskning, Klimaeffekter og Systemmodellering og Havpattedyr og Toksikologi. Afdelingen er endvidere ansvarlig for koordineringen af Greenland Ecosystem Monitoring (GEM), herunder Zackenberg og Nuuk Basic programmerne.

Medarbejderne har en stor erfaring med at udføre feltarbejde, der ofte foregår under vanskelige forhold i fjerne egne af Grønland. GIS, satellitbilledbehandling og telemetriteknik er vigtige redskaber ved analyse og præsentation af afdelingens data. Afdelingen råder over et moderne og akkrediteret sporelementlaboratorium.