DMU følger havmiljøets tilstand i de danske farvand. DMU indsamler selv en del af oplysningerne på undersøgelsestogter i de åbne områder af bl.a. Kattegat og Bælthavet med miljøskibet Gunnar Thorson. Derudover modtager DMU oplysninger om miljøtilstanden i de kystnære områder fra de regionale myndigheders miljøafdelinger.
DMU samler oplysningerne i en stor database MADS.
DMU’s viden om havmiljøet bliver løbende revurderet og præsenteret og diskuteret med andre forskere på internationale videnskabelige møder samt i artikler publiceret i internationale videnskabelige tidsskrifter. Derudover udgiver DMU mere populærfaglige rapporter og bøger bl.a. om havmiljøet, fx Temarapporten "Stofomsætning i havbunden" og "Nutrients and Eutrophication in Danish Marine Waters" .