Afdeling for Ferskvandsøkologi arbejder med at udvikle modeller, der kan forudsige effekten af klimaændringer på det hydrologiske regime, tab af næringsstoffer og ændringer af biodiversitet i vandløb og søer. Forskningen i klimaændringernes økologiske effekter gennemføres ved eksperimentelle studier i laboratorier og felt, komparative studier mellem Sydamerika og Danmark, undersøgelser langs klimagradienter af Arktis til Troperne samt palæolimnologiske studier.
Afdeling for Marin Økologi har en række igangværende projekter, som beskæftiger sig med effekter af klimaændringer samt udvikling af klimascenarier.