DMU har siden starten af 1990'erne beskæftiget sig med forskning og rådgivning inden for økologisk risikovurdering af genetisk modificerede planter (GMP). DMU deltager både nationalt og internationalt i arbejdet med risikovurdering af GMP og virker som ekspertrådgivere for myndighederne i Danmark og EU.

DMU er ansvarlig for den økologiske del af risikovurderingen af  GMP i Danmark. Opgaven involverer at gennemføre økologisk risikovurdering af både forsøgsudsætninger og markedsføringssager for nye GMP i Danmark og EU (se rapport om DMU's arbejde med økologisk risikovurdering i 2006). Desuden indgår vurdering af de risici, der er forbundet med indesluttet anvendelse i væksthus og ved laboratorieforsøg med genmodificerede planter og dyr. Endelig medvirker DMU også til udvikling og vurdering af overvågningsprogrammer samt deltager i nationale og internationale råd og ekspertgrupper vedrørende økologisk konsekvenser af GMP. Den økologiske risikovurdering fra DMU og de tilsvarende for landbrugsdrift og sundhed indgår i Skov- og Naturstyrelsens rapport til miljøministeren.

Forskningen er koncentreret omkring koncepter for risikovurdering af GMP, den mulige invasion af GMP i naturlige habitater, samt direkte konsekvenser og indirekte fødekædeeffekter af herbicidtolerante og insektresistente planter.

Forskere fra DMU har publiceret en lang række rapporter, artikler og bøger om risikovurdering og de økologiske konsekvenser af GMP.