Anvendelsen af GM-planter i landbruget nødvendiggør grundige undersøgelser af både de økologiske og de økonomiske konsekvenser. DMU koordinerede 5.-rammeprojektet ECOGEN , som havde til formål at frembringe vigtige oplysninger til den økologiske risikovurdering under Udsætningsdirektivet (2001/18/EF) samt at rådgive landmænd og befolkning om de mulige økologiske konsekvenser af GM-afgrøder og den ændrede landbrugspraksis. De økonomiske fordele blev vurderet i forhold til de miljømæssige konsekvenser. Projektet kombinerede laboratorietests, flerarts-modeløkosystemer og markundersøgelser for at få den nødvendige viden. De økonomiske og økologiske faktorer indgik i et modelbaseret beslutningsværktøj til brug på mark-niveau.
DMU deltog i projektet SIGMEA under EU´s 5. rammeprogram for forskning og teknologisk udvikling. Projektets formål var at udvikle redskaber til håndtering af de økologiske og økonomiske påvirkninger af GM-afgrøder i Europa, herunder sameksistens med økologiske og andre typer af afgrøder. I projektet udviklede og validerede DMU modeller for genspredning og foretog konsekvensanalyse.
Projektet Langtidseffekter af herbicidtolerante GM-afgrøder havde til formål at undersøge langtidseffekten af forskellige realistiske sprøjtestrategier på flora og fauna ved dyrkning af herbicidtolerante GM-afgrøder i sædskiftet. I projektet indgik økologiske undersøgelser af effekterne både i marken og i den tilstødende biotop, hegnets fodpose, der eksponeres for hhv. glyphosat og konventionelle sprøjtemidler. Dette blev kombineret med sociologiske undersøgelser af landmandens sprøjtepraksis ved dyrkning af herbicidtolerante GM-afgrøder.