NOVANA har som overordnet formål at følge tilstand og påvirkninger af vandmiljø og natur og udviklingen heri. Programmet er tilrettelagt således at natur- og miljøtilstanden og udviklingen beskrives for grundvand, vandløb, søer, havområder samt for terrestriske naturtyper og arter. Herunder indgår også målinger af forekomst og effekter af næringsstoffer, miljøfremmede stoffer og tungmetaller.

For at følge både de forskellige dele af vandmiljøets tilstand og udvikling samt tilførslerne af forurenende stoffer omfatter NOVANA følgende delprogrammer:

• Landovervågning (tilførsler og tab fra landområder)
• Punktkilder (udledninger til vand og jord)
• Atmosfærisk deposition (nedfald fra luften)
• Grundvand (tilstand, påvirkninger og mængder)
• Vandløb (tilstand, påvirkninger og stoftransport)
• Søer (tilstand og påvirkninger)
• Havområder (Tilstand, påvirkninger og stoftransport)
• Terrestriske naturtyper
• Arter.

For hvert delprogram offentliggøres resultaterne hvert år i:

• Regionale rapporter udarbejdes af amterne
• Landsdækkende rapporter udarbejdes af Danmarks Miljøundersøgelser, Danmarks og Grønlands geologiske undersøgelser og Miljøstyrelsen.

Danmarks Miljøundersøgelser udgiver hvert år en samlet landsdækkende rapport for hele programmet.

Endelig sker der en tværgående temaopdelt rapportering, som er foreslået til følgende:

• År 2005: Miljøfremmede stoffer og tungmetaller
• År 2006: Næringsstofproblematikken.