Miljøministerriet har en række fagdatacentre, som er involveret i driften af NOVANA.

Fagdatacentrene varetager følgende opgaver i NOVANA:

• Metodeudvikling for prøvetagning
• Udarbejdelse af tekniske anvisninger og for prøvetagning og datalagring
• Den landsdækkende datalagring og databehandling
• Udarbejdelse af faglige oplæg til styringsgrupperne
• Udarbejdelse af faglige udkast til paradigmer for rapportering af delområder
• Udarbejdelse af landsdækkende faglig rapportering af delområder
• Afholdelse af fag- og temamøder og medvirken i forbindelse med Vand- og Naturdage efter beslutning i Aftaleudvalg og styringsgrupperne.

Følgende fagdatacentre er involveret i NOVANA (gå til deres hjemmesider for at se deres produkter m.v.):

• Det Marine Fagdatacenter, DMU
• Fagdatacenter for biodiversitet og terrestrisk natur, DMU
• Fagdatacenter for ferskvand, DMU
• Fagdatacenter for grundvand og boringer, GEUS
• Fagdatacenter for hydrologiske punktkilder, Naturstyrelsen (siden er under opbygning)
• Fagdatacenter for luftkvalitet, DMU
• Fagdatacenter for stofudvaskning fra dyrkede arealer, DMU

Desuden er der et fagdatacenter for:

• VMP II - vådområder, DMU

Der har tidligere været et Fagdatacenter for hydrometri, men det indgår nu i Fagdatacenter for ferskvand.

Fagdatacentrene sikrer på det nationale niveau indsamling, lagring og kvalitetssikring af overvågningsdata. De indsamlede og lagrede data skal altid være til rådighed og tilgængelige for de involverede parter til brug ved nationale og internationale rapporteringer.