Afdelingen udfører forskning, overvågning, faglig rådgivning, undervisning og formidling på internationalt niveau inden for det marine miljø.
Afdelingen består af ca. 65 medarbejdere, hvoraf ca. 16 er teknisk-administrativt personale og resten akademiske medarbejdere. Afdelingen arbejder både internationalt og nationalt og medarbejderne fungerer som koordinatorer og/eller partnere i en række EU-finansierede projekter samt i nationale forsknings- og udviklingsprojekter og rådgivningsopgaver. Nationalt fungerer afdelingen som Marint Fagdatacenter i Miljøministeriets overvågningsprogram.
Afdelingen arbejder projektorienteret inden for rammerne af de årlige arbejdsprogrammer. Forsknings- og rådgivningsopgaver er defineret i samarbejde med Miljøministeriet og de øvrige kunder, samt af de eksterne finansieringsmuligheder. Basisbevillingen anvendes til overvågning og fagdatacenter, infrastruktur samt til rådgivning af Miljøministeriet. Afdelingen udfører opgaver for EU, Nordisk Ministerråd (NMR), Det Europæiske Miljøagentur (EEA), Miljøministeriet (MIM), Fødevareministeriet (FVM), forskningsrådene og en række nationale og internationale forskningsinstitutioner.
Afdelingens faglige styrker består i særlig grad i kombinationen af forskning, overvågning, rådgivning, undervisning og miljøløsninger, som omfatter globale, regionale og lokale skalaer. Forskning, overvågning og rådgivning i havmiljøet stiller særlige krav til tværfaglighed. Afdelingens medarbejdere dækker en række kompetencer, blandt andet biologi, fysik, kemi, statistik, økotoksikologi, modellering og IT. Denne faglige struktur har muliggjort en omfattende international og national indsats på analyser og løsninger af strategisk betydning, herunder udvikling af en række empiriske og dynamiske modeller samt etablering af Baltic Nest Institute (BNI), der skal udvikle og anvende forvaltningsmodeller, scenarier og prognoser for en række forhold i havet.
Afdeling for Marin Økologis overordnede mål er at fastholde og inden for særlige emner udbygge sin position, som en førende international, tværfaglig forskningsenhed inden for marin økologi. Afdelingen skal på et højt fagligt niveau udvikle væsentlige bidrag inden for forskning, overvågning og rådgivning, der fører til en bedre forståelse af de miljømæssige følger af belastning med næringsstoffer og miljøfarlige stoffer og klimaændringer i både danske og grønlandske områder og dermed styrke forskning og det faglige grundlag for forvaltning og øvrige administrative og politiske beslutninger.
Et godt arbejdsklima er af allerstørste betydning for at nå disse mål. Derfor arbejder medarbejderne og ledelsen til stadighed på at udvikle og anvende nye metoder, værktøjer og praksis til at forbedre videndeling, kultur og organisation for derved at styrke motivation og arbejdsglæde, imødegå stress for på den baggrund at optimere succesraten for offentliggørelse af forskningsresultater og for projektansøgninger om forskningsmidler.
Der er 4 faglige fora: