DMU udfører i forbindelse med NOVANA (Det Nationale program for Overvågning af VAndmiljøet og Naturen) en række opgaver inden for såvel den statslige som den regionale del af programmet. Opgaverne indenfor den regionale del af programmet udføres efter en kontrakt med de regionale myndigheder, som er ansvarlige for de pågældende aktiviteter.

DMU's overvågningsopgaver omfatter udover analyse af en række miljøfremmede stoffer (jvnf. ovenfor) bl.a. modelarbejde og forskellige biologiske undersøgelser.

Modelarbejde i forbindelse med overvågning kvalitetssikres ved review eller evaluering af en ekstern ekspert inden for området.

De biologiske overvågningsopgaver kvalitetssikres ved deltagelse i interkalibreringer, andre former for præstationsprøvninger eller tilsvarende, eller arbejdet underkastes en ekstern uvildig evaluering.