Vandløbenes biologiske kvalitet bedømmes hvert år ud fra sammensætningen af smådyrfaunaen på mere end 1000 lokaliteter. Tilstanden udtrykkes ved hjælp af Dansk Vandløbsfaunaindeks (DVFI) som antager værdier (faunaklasser) fra 1 til 7 hvor værdien 7 angiver den bedste tilstand.

En lav værdi for DVFI findes tit i vandløb med dårlige iltforhold p.g.a. forurening med let omsætteligt organisk stof. Der er også tit en lav DVFI-værdi i vandløb med dårlige fysiske forhold som for eksempel vandløb der vedligeholdes hårdt med udretning, opgravning, uddybning og grødeskæring. Et naturligt bugtet vandløb som får lov at passe sig selv, vil ofte have en høj værdi for DVFI.