Siden 1999 har det samme stationsnet på ca. 1050 lokaliteter været brugt i moniteringen. Der er i perioden 1999-2003 sket en klar forbedring i tilstanden med stadig flere faunaklasser 5, 6 og 7. Andelen af vandløb der er upåvirkede eller kun svagt påvirkede, er inden for denne periode øget fra knap 35 % til godt 44 %.

Forbedringen i den biologiske vandløbskvalitet har i perioden 1999-2003 betydet at opfyldelsen af målsætningerne på landsplan er steget fra 39 % til 51 %. Forbedringerne har været gradvise og er sket gennem hele perioden. Og forbedringerne er sket over hele landet. I Jylland og på Fyn er målopfyldelsen øget fra 43% til 55%, mens den for Sjælland, Lolland, Falster og Møn er øget fra 27% til 37%.

Miljøtilstanden i de danske vandløb i perioden 1999-2003. Blå og grøn illustrerer de rene og fysisk gode vandløb (faunaklasserne 5, 6 og 7).

Forbedringen i den biologiske tilstand er sket i både små og store vandløb. I mindre vandløb (< 5m brede) er andelen af upåvirkede eller kun svagt påvirkede lokaliteter (faunaklasserne 5, 6 og 7) steget fra 33 % til 42 %. Tilsvarende er andelen i de større vandløb (> 5 m brede) steget fra 44 % til 53 %. Målopfyldelsen i de mindre vandløb er i perioden 1999-2003 øget fra 37 % til 50 %. I de større vandløb er målopfyldelsen øget fra 46 % til 57 %.

På baggrund af faunaforekomsten fra 133 stationer som er gennemgående i hele perioden 1994-2003, er det for disse stationer undersøgt, hvilke faunaelementer der er gået frem og hvilke der er gået tilbage.

Forekomsten af udvalgte taxa fra 133 overvågningsstationer i perioderne 1994-96 og 2000-2002. En fremgang i forekomsten på mindst 30 % fra 1994-96 til 2000-02 er vist som *. Andre taxa som på baggrund af andre oplysninger vurderes at være i fremgang er vist som ⁽*⁾.

Det fremgår, at tolerante taxa som Limnephilidae, Baetidae og Gammarus findes på mere end 90 % af stationerne. De taxa, der vurderes at have været i fremgang i perioden er vist i tabellen med en stjerne. Fælles for disse er, at de alle har øget forekomsten i antallet af stationer med mere end 30 %. Andre taxa kan godt være gået frem i perioden, men det lave antal af stationer (133) betyder, at dette ikke nødvendigvis bliver synligt. Flere amter har således vist, at døgnfluen, Heptagenia er gået frem på Fyn og i dele af Jylland (Wiberg-Larsen et al. 1994, Ringkøbing Amt 2000). På tilsvarende vis er det dokumenteret, at slørvingerne Perlodes og Isoptena også er gået frem i det vestlige Jylland (Ringkøbing Amt 2000).

Der er en tendens til at taxa i fremgang især er dem, der forekommer i nøglegrupperne 1 og 2 i Dansk Vandløbsfaunaindeks, dvs. grupper som indikerer en god tilstand (Miljøstyrelsen 1998). Faunagrupper der regnes for enten intolerante eller som indikatorer for en organisk belastning har enten ingen udvikling i forekomsten eller eventuelt en svag tilbagegang. Det vil kræve et større antal af stationer eller en længere tidsserie for at give en mere sikker vurdering af status for disse faunagrupper.

De ændringer, der er sket i faunatilstanden i vore vandløb i de senere år, må forventes at fortsætte også fremover. Dels fordi allerede foretagne forbedringer i vandkvalitet og fysiske forhold kun gradvist slår igennem på de faunamæssige forhold, og i visse tilfælde kan tage en længere periode for at slå igennem. Men også fordi der i de kommende år sker en målrettet indsats med henblik på opfyldelse af vandløbenes målsætninger til opnåelse af god økologisk tilstand. Dels forbedring af spildevandsforholdene for spredt bebyggelse, men også forbedring af forholdene ved visse mindre spildevandsanlæg tilligemed med reduktion i regnvandsbetingede udledninger fra overløbsbygværker. Ophør eller ændret vandløbsvedligeholdelse som følge af revision af vandløbsregulativer eller som følge af udtagning af arealer i omdrift må ligeledes forventes i de kommende år at forbedre vandløbenes fysiske forhold til gavn for vandløbenes biologiske forhold.