Fosfor er ligesom kvælstof et plantenæringsstof, og er den vigtigste årsag til de store mængder af alger i mange søer. Fosfor er også af betydning for tilstanden i mange fjorde. Vandmiljøplanerne har haft som et mål at reducere udledningen af fosfor til vandmiljøet.

Fosfor er tidligere blevet udledt i store mængder til vandmiljøet fra rensningsanlæg og industrier. Efter de seneste årtiers store forbedringer i spildevandsrensning er tabet fra landbrugsjorder nu den vigtigste kilde til fosfor i vandløbene.

Fosfor har kun mindre betydning for tilstanden i vandløbene. Men via vandløb transporteres fosfor til søer og fjorde. Derfor er målte koncentrationer og beregnede transporter vigtige for at se om presset på søer og fjorde bliver mindre som ønsket.